Nuevo método para secuenciar ADN a bajo costo
El sistema más habitual para secuenciar el DNA es el método de Sanger de terminación de cadena, basado en técnicas de fluorescencia. Cuando este método se aplica a una sola molécula, los sistemas de secuenciación adquieren un coste elevado y aumentan las tasas de error.
En un trabajo publicado en la revista Nature Methods, en el que ha participado Maria Mañosas, investigadora de la UAB y de la Escuela Normal Superior de París, se ha desarrollado una plataforma para identificar y secuenciar una sola molécula de DNA mediante la manipulación de bolitas magnéticas y sin utilizar métodos de fluorescencia.
A diferencia de la mayoría de las técnicas actuales, esta no utiliza la detección por fluorescencia de nucleótidos, sino que se basa en la medida de la extensión de una molécula de DNA en estructura de horquilla.
Según los investigadores, la principal ventaja de este método reside en la naturaleza de la señal detectada, es decir, la extensión de la horquilla de DNA, que puede utilizarse tanto para identificar secuencias como para medir la distancia entre dos secuencias. Por otra parte, puesto que las moléculas utilizadas son oligonucleótidos estándar sin modificaciones fluorescentes, el coste total del sistema es bajo.
La horquilla de DNA debe sujetarse, por la región donde se separan las dos cadenas durante la replicación, entre una superficie de vidrio y una esfera magnética.
Mediante unas pinzas magnéticas, se puede manipular la esfera y generar la fuerza necesaria para desenroscar la horquilla de DNA. Una vez que se abre la molécula, puede hibridarse con oligonucleótidos complementarios en solución para mantener separadas las dos cadenas de DNA complementarias de manera transitoria.
Midiendo la extensión de la molécula durante los bloqueos, es posible determinar la posición de las hibridaciones a lo largo de la molécula con una precisión cercana a una base. La idea propuesta puede utilizarse tanto para identificar secuencias específicas a lo largo del DNA como para secuenciar una molécula de DNA por hibridación o ligación.
Artículo:
Fangyuan Ding, Maria Manosas, Michelle M Spiering, Stephen J Benkovic, David Bensimon, Jean-François Allemand y Vincent Croquette. «Single-molecule mechanical identification and sequencing». Nature Methods. Doi:10.1038/nmeth.1925.
Fuente: Universidad de Barcelona.
Fuente: universitam.com
